まあとりあえず報告でふ。

現在の所、3つのHDDチェックをやっています。
そのうち、2つまでが終了。

1.HDDチェック（外付けの機械で行う）→どれも、エラー出ず。
2.ファイルコピー（バックアップ）を行う→幾つかのファイルでエラーが出る
3.HDDチェック（完全表面テスト）→現在実行中。3つの内一つは終了。エラー出ず。

2のエラーは
CRCエラーでした。
当初、40個ほど出ましたが外付けのためのコードが抜けていた等があり
最終的には、9個が復旧できず。
（この中には、次のファイルが無いという物が含まれていた）
結局、完全に破損を確認できたのは1つのみでした。
代替え用のファイル（バクアプ）もあった事などから、
かなりの確率で救えた。
ただ、ファイルが足りないというのが結構あったのでそこらへんがかなり
危機的な状況だったりします。

現時点では、3をしていますが
クリティカルな、エラーは出ていませんです。

。。どうしたらよいですか、エロイ人〜。もう、エラー出てないんですけど。。orz
XPでのスキャンディスクでは全く発見できませんでしたです。。（滝汗

で、一応ぐぐって参考とした所は、

使用しているwindowsの詳細がわからないのでなんとも言えませんが、
使用しているうちにパーティション情報が破壊されるというのは、典型的な
「137GBの壁」ではないでしょうか。

レジストリ HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\atapi\Parameters
のEnableBigLbaの値は何になっていますか？
レスどうもです。
それも疑って、レジストリは既に「1」に書き換えてあります。
Windows2000SP3を使っていましたが、念のためSP4もあててみました。
何度やっても結局は消えてしまうので、それも原因かもしれませんが
少なくともそれだけが原因と言う訳でもなさそうです

むぅ、これじゃないんだよなぁ。。
っていうか、SP4だし。。（汗